Niższe Seminarium Duchowne w Wolsztynie działało w latach 1949-1960, w najtrudniejszym dla Kościoła katolickiego w Polsce okresie. Było ono powszechnie cenioną szkołą katolicką, a zarazem jedynym niższym seminarium na terenie archidiecezji poznańskiej. Nauka w nim, dająca średnie wykształcenie, nie zobowiązywała do jej kontynuacji w seminarium wyższym. Jednak ponieważ było ono zarazem placówką przygotowującą młodych do wstąpienia na drogę kapłańską, władze komunistyczne, walczące z religią i Kościołem, dążyły do likwidacji tego typu szkół.
Większość niższych seminariów w Polsce została zlikwidowana decyzją władz 3 lipca 1952 r., a ich budynki konfiskowano na rzecz państwa. Także seminarium w Wolsztynie musiało walczyć o swoje istnienie. Dzięki decyzji ówczesnego metropolity poznańskiego abp. Walentego Dymka o utworzeniu z niego oddziału Wyższego Seminarium Duchownego w Poznaniu szkoła w Wolsztynie przetrwała i rozwijała się.
Jednak cały czas, jak wynika z materiałów zachowanych w poznańskim Oddziale IPN, Urząd Bezpieczeństwa dążył do „rozpracowania operacyjnego” środowiska seminarium, szukał tam „kandydatów na werbunek” oraz dróg dojścia do tamtejszych nauczycieli duchownych i świeckich. Bez większych jednak rezultatów.
W efekcie coraz większych trudności stwarzanych seminarium przez władze komunistyczne w latach 1958-1959 zawieszono w nim prowadzenie zajęć dydaktycznych. W tej sytuacji dyrekcja szkoły zawarła porozumienie z Liceum Ogólnokształcącym w Wolsztynie, w którym kontynuowali naukę uczniowie seminarium, mieszkając nadal w budynkach kościelnych.
Ostateczną likwidację Niższego Seminarium Duchownego w Wolsztynie przeprowadzono wraz z ogólnopolską akcją tzw. wyprowadzenia religii ze szkół. Decyzję o natychmiastowym zamknięciu placówki wydano 1 września 1960 r. Jej likwidacja, jak wspominał podczas konferencji ks. prałat Stanisławski, przeprowadzona przez funkcjonariuszy Milicji Obywatelskiej i Urzędu Bezpieczeństwa, była brutalna i stanowiła „ogromny cios dla Kościoła poznańskiego”. Budynki seminaryjne przejęła Miejska Rada Narodowa w Wolsztynie przeznaczając je na Wydział Zdrowia.